En el Estado de Jalisco existen trece humedales de importancia internacional (Sitios Ramsar). Los cuales protegen 156 mil 157.94 ha de superficie de lagos y lagunas, así como 1 mil 919.83 ha de manglar. Derivado de esto se conformó un Comité con especialistas para tomar decisiones que permitan mantener las funciones ecológicas de los humedales.
El CEPAHJ es un grupo intersectorial conformado a partir de la iniciativa de diversas instituciones conscientes de la gran importancia de las funciones ecológicas de los humedales y la necesidad de lograr el uso racional, la conservación, protección de valores y funciones de estos ecosistemas.
El CEPAHJ está integrado por representantes de dependencias del ejecutivo estatal: La Secretaría de Medio Ambiente y Desarrollo Territorial del Estado (SEMADET), la Secretaría de Desarrollo Rural (SADER) y la Comisión Estatal de Agua (CEA). Por sus atribuciones y actividades legales, que guardan relación directa con la gestión y conservación de los humedales, forman parte de los miembros del Comité: La Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT Delegación Jalisco), La Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP), La Comisión Nacional del Agua (CONAGUA), La Procuraduría Federal de Protección Al Ambiente (PROFEPA), La Procuraduría Estatal de Protección Al Ambiente (PROEPA), La Universidad de Guadalajara, a través de los centros Universitarios que lo conforman (CUCBA, CUCOSTA, CUCSUR, CUSUR, CUVALLES), y La Sociedad para la Investigación y el Aprovechamiento de la Fauna Silvestre (SIAFASE). Además participan como miembros, los representantes de los humedales que se encuentran ubicados dentro del territorio estatal y que cuenten con algún tipo de categoría de protección municipal, estatal, nacional o que se encuentre inscrito en la Convención Ramsar (Comité local para el manejo integral del sitio Ramsar "Estero Majahuas", Comité local para el manejo integral del sitio Ramsar "Laguna de Chalacatepec", Comité local para el manejo integral del sitio Ramsar "Estero El Chorro", Comité local para el manejo integral del sitio Ramsar "Sistema Estuarino Lagunar Agua Dulce - El Ermitaño", Comité local para el manejo integral del sitio Ramsar "Laguna Xola - Paramán", y el Comité local para el manejo integral del sitio Ramsar "Laguna de Atotonilco").
En el Estado de Jalisco se ha implementado un modelo de gobernanza para la biodiversidad, cuyo objetivo es emitir recomendaciones para fortalecer la coordinación y ejecución de acciones al interior del Estado. Este modelo corresponde al diseño y operación de los diversos Comités que analizan, asesoran, evalúan y emiten opiniones en materia de conservación y uso sustentable de la biodiversidad en el Estado.
